Naczelna Rada Lekarska postanowiła zaskarżyć do Trybunału Konstytucyjnego przepisy o tzw. klauzuli sumienia, zawarte w ustawie o zawodach lekarza i lekarza dentysty. Zdaniem NRL, ograniczenia w korzystaniu z klauzuli są niezgodne z zasadą wolności sumienia, sformułowaną w Konstytucji RP i w Międzynarodowym Pakcie Praw Obywatelskich i Politycznych.

Naczelna Rada Lekarska postanowiła zaskarżyć do TK art. 39 ustawy z 5 grudnia 1996 r. o wykonywaniu zawodu lekarza i lekarza dentysty. Mówi on, że: „Lekarz może powstrzymać się od wykonania świadczeń zdrowotnych niezgodnych z jego sumieniem, z zastrzeżeniem art. 30, z tym że ma obowiązek wskazać realne możliwości uzyskania tego świadczenia u innego lekarza lub w podmiocie leczniczym oraz uzasadnić i odnotować ten fakt w dokumentacji medycznej. Lekarz wykonujący swój zawód na podstawie stosunku pracy lub w ramach służby ma ponadto obowiązek uprzedniego powiadomienia na piśmie przełożonego.”.

NRL kwestionuje m.in. zastrzeżenie sformułowane w odniesieniu do art. 30 ustawy i uważa, że ta część przepisu jest niezgodna m.in. z art. 53 Konstytucji RP zapewniającym każdemu wolność sumienia i religii oraz art. 65 dającym „wolność wyboru i wykonywania zawodu oraz wyboru miejsca pracy”.

Ustawowe zastrzeżenie, zdaniem NRL, jest ponadto sprzeczne z art. 18 ust. 1 i 2 Międzynarodowego Paktu Praw Obywatelskich i Politycznych z dnia 19 grudnia 1966 r. – „w zakresie, w jakim nakłada na lekarza obowiązek wykonania niezgodnego z jego sumieniem świadczenia zdrowotnego, pomimo, że zwłoka w udzieleniu tego świadczenia nie spowodowałaby niebezpieczeństwa utraty życia, ciężkiego uszkodzenia ciała lub ciężkiego rozstroju zdrowia”.

W opinii Naczelnej Rady Lekarskiej obowiązek wskazania innego lekarza lub placówki, które wykonają żądany zabieg, podczas gdy lekarz powołuje się na klauzulę sumienia, także jest niezgodny z Konstytucją. Nakłada bowiem na takiego lekarza "powstrzymującego się od wykonania świadczeń zdrowotnych niezgodnych z jego sumieniem ciężar zagwarantowania uzyskania tych świadczeń u innego lekarza lub w podmiocie leczniczym, co czyni iluzorycznym prawo do wolności sumienia”.

Ponadto NRL uważa za niezgodny z Konstytucją RP wskazany w ustawie obowiązek uprzedniego powiadomienia przez lekarza swojego przełożonego o tym, że odmawia wykonania świadczenia oraz odnotowania tego faktu w dokumentacji medycznej. To także, w opinii NRL, jest sprzeczne z konstytucyjnym prawem do wolności sumienia.