Budynek podarowany przez Grzegorza XIII wymagał remontu, dlatego świątynię konsekrowano dopiero 13 października 1591 r., już po śmierci kard. Hozjusza – uczynił to ówczesny biskup krakowski kard. Jerzy Radziwiłł. Od tego wydarzenia minęło 430 lat. W XVIII wieku opiekę nad polskim kościołem w Rzymie przejęli biskupi krakowscy i tak jest po dzień dzisiejszy. Niestety, w czasach zaborów kościół przejęły władze carskiej Rosji i dopiero w 1920 r. dzięki staraniom biskupa krakowskiego księcia Adama Stefana Sapiehy wrócił on w polskie ręce. Rektorami kościoła byli kolejno ks. prał. Józef Florczak, ks. prał. Stanisław Janasik, a po wojnie dawny biskup polowy, abp Józef Gawlina, którego następcą był abp Szczepan Wesoły. Obecnie rektorem jest ks. prał. Paweł Ptasznik, szef polskiej sekcji watykańskiego Sekretariatu Stanu.

Od 1964 r., jako arcybiskup metropolite Krakowa kościołem opiekował się kard. Karol Wojtyła, który był szczególnie związany z tą świątynią. Za każdym razem, gdy przebywał w Rzymie odwiedzał kościół św. Stanisława przy via delle Botteghe Oscure. Uczynił to również już jako Papież - w 1979 r., w 1992 r. (na 400-lecie konsekracji świątyni) oraz w Roku Jubileuszowym 2000.

Archiwum Kościoła św. Stanisława

Z polskim kościołem w Rzymie ma również ścisłe związki kard. Stanisław Dziwisz – bywał w nim już jako sekretarz kard. Wojtyły, później jako sekretarz Papieża, a od 2005 r., gdy został arcybiskupem metropolitą Krakowa, sam stał się opiekunem polskiego kościoła św. Stanisława i nawiedzał świątynię w czasie pobytów w Wiecznym Mieście.

Odwiedził ją również 16 maja 2021 r., gdy przyjechał do Watykanu z okazji 40. rocznicy zamachu na Jana Pawła II. Kardynał odprawił Mszę św. dziękczynną za ocelenie Papieża i wygłosił homilię, w której nawiązał do słów zapisanych w księdze Dziejów Apostolskich. Apostołom uporczywie wpatrującym się w postać unoszącego się w górę Jezusa, dwaj aniołowie zadali pytanie: „Dlaczego stoicie i wpatrujecie się w niebo?” „Dziś to pytanie – powiedział Purpurat - kierowane jest do nas, będących uczniami ukrzyżowanego i zmartwychwstałego Pana, należącymi do Chrystusowego Kościoła zbudowanego na wierze Apostołów. Zdajemy sobie sprawę, że to pytanie – w takiej czy innej formie – zadaje nam współczesny świat, często stojący z dala od Chrystusa i Jego Kościoła. Dlaczego patrzycie w górę, nie poprzestając na tym, co macie na ziemi? Dlaczego wpatrujecie się w Jezusa Chrystusa? Dlaczego w Niego wierzycie i w Nim pokładacie nadzieję? Dlaczego jesteście w Jego Kościele, gdy inni z niego odchodzą?” Według kard. Dziwisza, odpowiedź na te pytania mogą nam podpowiedzieć słowa Szymona Piotra, skierowane do Jezusa w chwili, gdy wielu uczniów zwątpiło, nie rozumiało Go i przestało z Nim chodzić: „’Panie, do kogóż pójdziemy? Ty masz słowa życia wiecznego’ (J 6, 68). Przecież to dzięki Chrystusowi wiemy, kim jesteśmy, skąd przyszliśmy i dokąd zmierzamy. Dzięki Niemu wiemy, jak bardzo kocha nas Bóg, nasz Stwórca i Zbawiciel, który w swoim domu czeka na nas, swoje dzieci”. „To w największym skrócie – kontynuował kardynał - uzasadnienie naszej wiary i nadziei, pozwalającej nam żyć i pracować, kochać i służyć, stojąc twardo na ziemi i wpatrując się w niebo”. Ale naszej wiary nie możemy zatrzymywać tylko dla siebie – „Jezus liczy na każdą i każdego z nas, aby Dobra Nowina o zbawieniu dotarła do wszystkich ludzkich serc. (...) Oto zadanie dla pozostających na ziemi uczniów zmartwychwstałego Pana. Oto zadanie dla nas wszystkich!”

Mówiąc o ewangelicznym powołaniu wiernych do głoszenia Dobrej Nowiny, kard. Dziwisz wspomniał Karola Wojtyłę, którego „świat i Kościół poznał jako Jana Pawła II wtedy, gdy jako Biskup Rzymu i Papież podjął Piotrową posługę umacniania braci w wierze”. Jan Paweł II był jednym z nawiększych ewangelizatorów świata – „nauczał wszystkie narody” i był świadkiem Jezusa Chrystusa „aż po krańce ziemi”. Jak podkreślił kaznodzieja, Papież „orężem prawdy o Bogu i człowieku, stworzonym na obraz Boży, stawił czoło ideologiom odzierającym człowieka z godności i nadziei. Nie głosił walki klas, nie nawoływał do zbrojnej walki, ale tym bardziej stał się niebezpieczny dla totalitarnych systemów zbudowanych na kłamstwie i przemocy, odbierających narodom wolność i suwerenność”.

Włodzimierz Rędzioch

W tym kontekście Kardynał nawiązał do zamachu na Jana Pawła II, który „miał raz na zawsze położyć kres życiu i służbie apostoła pokoju i nadziei. Tym razem jednak Boża Opatrzność zarządziła inaczej. Jan Paweł II przeżył, a swoje cudowne ocalenie przypisywał Matce Bożej z Fatimy, bo to był Jej dzień. Przeżył, bo był potrzebny Kościołowi i światu, a jego długi pontyfikat w znacznym stopniu odmienił Kościół i świat”. Od temtego dramatycznego wydarzenia minęło czterdzieści lat i ta rocznica jest okazją, by raz jeszcze podziękować Bogu za ocalenie Ojca Świętego. „Dziękujemy – powiedział dawny sekretarz Jana Pawła II - za całe jego życie i służbę, za to, kim był i czego dokonał. Dziękujemy za jego świętość i orędownictwo w niebie. Dziękujmy za to wszystko w tej świątyni, położonej w centrum historycznego Rzymu, z którą kardynał Karol Wojtyła był tak bardzo związany, w której wielokrotnie dla rzymskiej Polonii sprawował Eucharystię i głosił słowo Boże. Mamy za co dziękować Bogu!”

Po Eucharystii kard. Dziwisz spotkał się z dziećmi z polskich rodzin, które przystąpiły do I Komunii św. i udzielił im błogosławieństawa. Zatrzymał się również na rozmowie z przedstawicielami Polonii rzymskiej, która uczęszcza do kościoła św. Stanisława.