Na początku Mszy św. odczytano telegram kondolencyjny z Sekretariatu Stanu Stolicy Apostolskiej, w którym poinformowano, że Ojciec Święty Leon XIV łączy się duchowo z uczestnikami liturgii pogrzebowej „dziękując Bogu za gorliwą pasterską służbę śp. bp. Jana, którą podejmował dla dobra Kościoła, szczególnie w Archidiecezji Krakowskiej”. Odczytano także słowo abp. Tadeusza Wojdy, przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski.

Abp Marek Jędraszewski przedstawił życiorys zmarłego. Jan Szkodoń urodził się 19 grudnia 1946 r. w Chyżnem na Orawie. Szkołę podstawową ukończył w rodzinnej miejscowości w 1960 r. Uczęszczał do liceum w Jabłonce. Po maturze, którą zdał w 1964 r., wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. Święcenia kapłańskie z rąk ówczesnego metropolity krakowskiego, kard. Karola Wojtyły przyjął w Jabłonce 22 marca 1970 r.

Przez dwa lata pracował jako wikariusz w Makowie Podhalańskim, a następnie przez rok w parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Krakowie-Borku Fałęckim. W latach 1973 – 1976 studiował na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, w Instytucie Pastoralnym. Studia ukończył doktoratem na podstawie dysertacji „Nierozerwalność małżeństwa jako problem duszpasterski Kościoła w Polsce w latach 1946 – 1970”.

Po powrocie do Krakowa pracował jako sekretarz Synodu Archidiecezji Krakowskiej. Prowadził też wykłady z teologii pastoralnej i z teologii życia wewnętrznego na Papieskim Wydziale Teologicznym. W 1979 r. kard. Franciszek Macharski powierzył mu rolę ojca duchownego Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej.

14 maja 1988 r. papież Jan Paweł II mianował ks. Jana Szkodonia biskupem pomocniczym Archidiecezji Krakowskiej ze stolicą tytularną Turrisblanda. Święcenia biskupie przyjął w katedrze na Wawelu 4 czerwca 1988 r. Konsekratorami byli kard. Franciszek Macharski, abp Jerzy Ablewicz i bp Stanisław Nowak. Jako swoje zawołanie bp Jan Szkodoń przyjął słowa „Dominus ipse faciet” – „Pan, On sam będzie działał”.

W Archidiecezji Krakowskiej pełnił urząd wikariusza generalnego, był także członkiem Rady Duszpasterskiej i Kolegium Konsultorów. W Krakowskiej Kapitule Katedralnej pełnił również funkcję dziekana. W Konferencji Episkopatu Polski był członkiem Komisji Charytatywnej, Komisji ds. Duszpasterstwa Rodzin, Komisji ds. Misji, Komisji ds. KUL-u, Komisji Duchowieństwa i Rady Rodziny.

10 marca 2022 r. papież Franciszek przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa pomocniczego Archidiecezji Krakowskiej w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego. Ostatnie lata jego życia były naznaczone wielorakim cierpieniem. Zmarł 28 sierpnia w Krakowie.

– Dzisiaj pragniemy dobremu Bogu dziękować za jego życie i za wszelkie dobro, jakie stało się udziałem Kościoła, zwłaszcza Kościoła krakowskiego, dzięki jego kapłańskiej i biskupiej posłudze. Równocześnie pokornie prosimy najlepszego Ojca, aby zechciał mu okazać wielkie swoje miłosierdzie – mówił abp Marek Jędraszewski.

Okolicznościowe kazanie wygłosił dziekan Krakowskiej Kapituły Katedralnej ks. Jacek Urban. W jego trakcie odczytał fragmenty testamentu śp. bp. Jana Szkodonia, napisanego po przyjęciu sakry biskupiej 37 lat temu. „Ogarniam wdzięczną modlitwą całe moje życie. Dziękuję Bogu za wierzących i pobożnych rodziców, którzy wprowadzili mnie w życie wiary. Dziękuję za rodzeństwo, za rodzinę, przyjaciół i dobrodziejów, za kapłanów, których spotkałem na drodze mego życia, za nauczycieli i wychowawców. Tak wiele dobrego doznałem od ludzi. W szczególny sposób pragnę wielbić Boga za dar powołania do kapłaństwa. (…) Ogarniam myślą i sercem 18 lat mojego kapłaństwa, pracę w Makowie Podhalańskim i w Krakowie Borku-Fałęckim, studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, pracę w Synodzie Krakowskim, a szczególnie prawie 10 lat pracy w seminarium jako ojca duchownego, a także wykładowcy w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Mam tyle powodów, aby trwać w dziękczynnym »Te Deum«, ale jednocześnie uświadamiam sobie, że mogłem o wiele lepiej służyć Bogu i ludziom. Proszę o wybaczenie ludzi, których czymkolwiek zasmuciłem. Niech Bóg miłosierny naprawi to, co zepsułem. A jeśli by ktoś czuł się winnym wobec mnie, chcę wyznać, że do nikogo nie czuję żalu”.

– Pracowity, pobożny, gotowy do każdej posługi, niewymawiający się zmęczeniem, bardzo kapłański, wchodzący w dialog z każdym napotkanym człowiekiem – mówił o Zmarłym ks. Jacek Urban. Przypomniał, że 5 lat temu bp Jan został w mediach oskarżony; odrzucił doniesienia i poddał się woli przełożonych. W lipcu 2021 r. nuncjatura ogłosiła, że wina bp. Jana nie została udowodniona. Kilka miesięcy później osiągnął wiek 75 lat i został seniorem. – Pozostał w odosobnieniu. Podjął drogę życia ukrytego. W testamencie napisał, że był to dla niego czas Bożego doświadczenia – zaznaczył dziekan Krakowskiej Kapituły Katedralnej.

Ks. Urban wyliczył również szereg biskupich posług zmarłego, za które jest mu wdzięczny Kościół krakowski: wizytacje, bierzmowania, rekolekcje, odpusty, jubileusze; tysiące konferencji w seminarium; setki uroczystych celebr w katedrze; pielgrzymowanie do sanktuariów maryjnych (zwłaszcza do Kalwarii, Ludźmierza, na Jasną Górę i do Makowa) z młodzieżą Ruchu Światło-Życie, z Grupami Apostolskimi i z Domowym Kościołem; prowadzone adoracje Najświętszego Sakramentu dla kapłanów w Kaplicy Arcybiskupów Krakowskich; pogrzeby kapłanów Archidiecezji Krakowskiej; ponad 1000 sobotnio-niedzielnych rozważań ewangelicznych w Radiu Alex dla Podhala; homilie w 3 punktach; teksty do Tygodnika Rodzin Katolickich „Źródło”; pracę w Wydziale Duszpasterstwa Rodzin i w Wydziale Duszpasterstwa Młodzieży; homilie przy 3 ołtarzu przy kościele św. Wojciecha w Rynku podczas procesji Bożego Ciała zawsze poświęcone małżeństwu i rodzinie; prowadzenie przez pół wieku grupy studyjnej Synodu Archidiecezji Krakowskiej związanej ze środowiskiem naukowym Akademii Górniczo-Hutniczej; przewodniczenie przez ćwierć wieku Kapitule Metropolitalnej jako jej dziekan; książki; poezję pisaną białym wierszem; malowane obrazy; „Noc ciemną”, kiedy sam stał się Janem od Krzyża i nie był w stanie sięgnąć ani po pióro poezji, ani po pędzel malarstwa.

– Biskup Jan był adresatem Bożego Słowa i stał się Jego zwiastunem. Dbał o przygotowanie gleby na Słowo, aby stało się Ciałem i zamieszkało między nami. Głosił Słowo, łamał chleb, służył – podkreślił ks. Jacek Urban. Homilię zakończył słowami hymnu Roku Świętego, które odniósł do Zmarłego: „Podnieś oczy. Ruszaj z wiatrem w przyszłość. Patrz na Syna, co się stał człowiekiem. Niech Cię przyjmie Matka, której już w młodości życie swe ofiarowałeś”.

W modlitwie żałobnej na Wawelu uczestniczyli liczni biskupi i kapłani. Wśród nich byli także kard. Stanisław Dziwisz i kard. Kazimierz Nycz.