Wśród eksponatów znajdujących się w muzeum znajdują się liczne pamiątki związane z objawieniami z 1917 roku, a także dary z całego świata przekazywanych portugalskiemu sanktuarium maryjnego. Zdeponowano tam m.in. wota dziękczynne z okresu II wojny światowej, a także późniejszych lat, a także koronę podarowaną przez portugalskie kobiety w 1942 roku. Stanowiła ona podziękowanie za neutralne stanowisko Portugalii wobec wojny i uniknięcie w ten sposób ofiar w tym konflikcie zbrojnym.
W muzeum prezentowane są również pamiątki przekazane przez papieży sanktuarium fatimskiemu, m.in. papieża Franciszka, Benedykta XVI, a także św. Jana Pawła II. Wśród przekazanych muzeum pamiątek po pochodzącym z Polski papieżu są m.in. jego sutanny, różaniec, a także drobne osobiste przedmioty.
Wśród eksponatów z Polski w fatimskim muzeum są m.in. monstrancje i inne dewocjonalia przekazywane przez polski rząd, prezydenta, a także upominki od Kościoła w Polsce i jego hierarchów. Jednym z najcenniejszych jest kardynalski pierścień Prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego.
Jedną z sekcji z podarunkami dla sanktuarium fatimskiego wypełniają rzeczy przekazane przez znanych sportowców, m.in. byłego brazylijskiego piłkarza FC Barcelony Romario, a także dawnego portugalskiego napastnika Benfiki Lizbona Nuno Gomesa.
Pomóż w rozwoju naszego portalu