Sytuacja polityczna papieża była trudna. Włochy opanował wódz Gotów, Odoaker. W Kościele na Wschodzie rozwijała się herezja monofizytów, głosząca, że Pan Jezus miał tylko jedną naturę - Boską, która wchłonęła w siebie naturę ludzką, patriarcha Konstantynopola, Akacjusz, wypracował "formułę zgody". Według niego nie należy mówić w ogóle o naturach w Jezusie Chrystusie. Formuła ta nie zadowoliła ani monofizytów, gdyż nie potwierdzała ich nauki, ani katolików, gdyż zakazywała głosić naukę o dwóch naturach w Jezusie Chrystusie - Boskiej i ludzkiej. Papież musiał potępić Akacjusza. Poparł go za to cesarz Zenon. Patriarcha Konstantynopola, mając poparcie władcy, zerwał z papieżem i nakazał wykreślić jego imię z Mszy świętej. Tak powstała schizma akacjańska, pierwsze oderwanie się Kościoła wschodniego od zachodniego, trwające przez ponad 30 lat. Po śmierci Akacjusza (489) papież polecił biskupom i kapłanom Kościoła wschodniego wykreślić ze Mszy świętej wspomnienie Akacjusza. Papież Feliks III zmarł 1 marca 492 roku. Pochowano go w bazylice św. Pawła za Murami w grobowcu rodzinnym.

Bogaty i okazały modlitewnik "Módlmy się z Chrystusem, Maryją i świętymi przez cały rok" w całości do kupienia w naszej księgarni!