Uroczystości pogrzebowe o. Jana Mikruta CSsR odbyły się 9 stycznia 2013 r. w Krakowie. W sanktuarium Matki Bożej Nieustającej Pomocy przy klasztorze Ojców Redemptorystów koncelebrowanej Mszy św. przewodniczył bp Stanisław Stefanek, senior diecezji łomżyńskiej, w koncelebrze biskupa pomocniczego archidiecezji krakowskiej Jana Szkodonia i biskupa pomocniczego diecezji sandomierskiej Edwarda Frankowskiego. Homilię wygłosił o. Piotr Chyła, wikariusz Prowincjała Warszawskiej Prowincji Zgromadzenia Najświętszego Odkupiciela.

W sanktuarium na ufnej modlitwie w intencji o. Jana Mikruta CSsR i dziękczynieniu Bogu za dar jego życia zjednoczyli się m.in.: biskupi, kapłani diecezjalni i zakonni, siostry zakonne i bracia zakonni, rodzina Zmarłego, przyjaciele, artyści, przedstawiciele parlamentu i służby zdrowia, Rodzina Radia Maryja, członkowie wspólnot Intronizacji Najświętszego Serca Pana Jezusa i Ruchu Światło-Życie, słuchacze Radia Maryja i telewidzowie Telewizji Trwam oraz ci wszyscy, którzy na drodze życia spotkali o. Jana. Teraz oni pamiętają jego wiarę, ufność i miłość. Pamiętają jego zawołanie w cierpieniu: Jezu, ufam Tobie. Pamiętają jego słowa: - Trzeba być wiernym Jezusowi, który obiecuje dużo łask tym, którzy mu ufają; Czy dobrze jest życiu, czy źle, modlimy się słowami: Chwała Ojcu i Synowi, i Duchowi Świętemu. Ten człowiek wiary i prawdy pozostał dla nich przykładem i inspiracją. Dlatego obiecują kontynuację jego dzieła z nadzieją, że zyskali orędownika w niebie. W ten sposób potwierdza się, że miłość jest silniejsza od śmierci, a wiara w świętych obcowanie pociesza, choć zasmucająca jest konieczność śmierci.

W homilii o. Piotra Chyły CSsR powtarzające się słowa: Jezu, ufam Tobie brzmiały jak testament pozostawiony przez o. Jana. Całe jego życie bowiem, wszystko, co w nim wydarzyło się, pozwoliło mu obrać to zdanie jako motto szczególnie w ostatnim etapie ziemskiej wędrówki. - Przylgnął do Jezusa z wiarą dojrzałą i gotową na przejście do domu Ojca. Całe jego życie przygotowało go do tej chwili - mówił kaznodzieja i przypominał jego piękne życie, dojrzałą wiarę, pokorną i mocną, zaufanie i miłość dla Boga, cześć do Matki Najświętszej, umiłowanie Kościoła oraz gorliwą posługę kapłańską będącą służbą Chrystusowi oraz człowiekowi. Praca na rzecz laikatu i formacja świeckich wyróżniała działalność o. Jana Mikruta CSsR. Taka postawa w Roku Wiary może być wzorem.

- Życie i wiara o. Jana - dojrzałe i zahartowanie ufnością i zawierzeniem, uszlachetnione cierpieniem - jak mówił o. Piotr - stają się świadectwem, stają się dziękczynieniem. To świadectwo porywa, zachęca do modlitwy w jego intencji oraz prowokuje do spojrzenia na własne życie i zrozumienia prawdy, że całe istnienie na ziemi (wszystkie wydarzenia, chwile i spotkania) przygotowuje do spotkania z Bogiem w niebie. O. Jan nie żył dla siebie, a w chwili śmierci chwycił się dłoni Ojca. Dlatego w dniu pogrzebu kaznodzieja modlił się: - Niech On przyjmie ciebie do swojej chwały, niech On da ci szczęście wieczne, byś razem ze świętymi w niebie nas wspierał, za nami orędował.

Zmarłego pożegnali m.in.: w imieniu kard. Stanisława Dziwisza bp Szkodoń, o. Piotr Chyła CSsR, o. Tadeusz Rydzyk CSsR, który zaproponował, by powstała książka-świadectwo pt. „Kapłan - o. Jan w moim życiu”, oraz w imieniu rodziny Barbara Pach.

Po Mszy św. pogrzebowej uczestnicy odprowadzili Zmarłego na cmentarz Podgórski, gdzie ciało o. Jana Mikruta CSsR spoczęło w grobowcu redemptorystów.